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学科主题: 计算机化学与化学信息学
题名: 基于分子对接的苯丙素甙(PPGs)类化合物的虚拟筛选和合理设计
其他题名: Virtual screening and rational design of phenylpropanoid glycosides analogues based on molecular docking
作者: 陈海峰 ; 高坤 ; 范波涛 ; 袁身刚 ; 贾忠建
通讯作者: 袁身刚
刊名: 化学学报
发表日期: 2002-01-01
卷: 60, 期:10, 页:1860-1866
收录类别: SCI
部门归属: 中国科学院上海有机化学研究所计算机化学与化学信息研究室; 兰州大学化工学院应用有机国家重点实验室; 巴黎第七大学; 兰州大学生命科学院生物物理实验室
摘要: 采用虚拟化合物生成法对抗肿瘤的苯丙素甙(PPGs)类化合物进行了配体受体对接研究.以三种不同的骨架结构为基础分别生成了五十个虚拟苯丙素甙(PPGs)类化合的,并将它们与端粒DNA受体进行分子对接,分析已知结构的对接结果,通过虚拟筛选的方法得到了一批与受体相互作用能较高并且复合物能量较低的新的有潜力的活性化合物.该方法可以弥补分子对接研究中、只能计算药物与受体的相互作用、无法有效设计新化合物的不足.这种方法在基于结构的药物分子设计中具有重要的意义.
英文摘要: A novel approach for the design of phenylpropanoid glycosides (PPGs) analogues is presented. This approach combines virtual bioactive compound generation with molecular docking calculation. For the three types of phenylpropanoid glycosides scaffolds, 150 vitual PPGs analogues (50 for each type respectively) are generated. Each generated structure is docked with telomere DNA receptor. By comparing with the docking results of verbascoside structure, a set of new PPGs analogues is selected. The analogues with high docking energy and their telomere DNA complexes with low energy are considered as promising candidates. The approach overcomes the shortcoming of docking study, which can only calculate the interaction energy of ligand and receptor, but can not efficiently design new compounds. The results show that the apporach is a feasible way for the structre-based drug design.
语种: 中文
内容类型: 期刊论文
URI标识: http://ir.sioc.ac.cn/handle/331003/20587
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陈海峰,高坤,范波涛,等. 基于分子对接的苯丙素甙(PPGs)类化合物的虚拟筛选和合理设计[J]. 化学学报,2002,60(10):1860-1866.
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